Eclipseの注釈処理の設定画面に関する説明ページ
プロジェクトの右クリックで開くコンテキストメニューから「Properties」 - 「Java Compiler」 - 「Annotation Processing」 と辿ると、注釈処理の設定画面が開くじゃないですか。この画面の説明ページをたまたまみつけたのでリンクしておきます。
正式なドキュメントというよりはCVSにはいっていてまだリリースされていないもののようですが、リンク先を含めて参考になるかも。
Enable processing in editor のチェックボックスって、つけてもつけなくても挙動が変わる気がしないんだけどなぁ。