S2JDBC-Genでテンプレートファイルを差し替えるには？

テンプレートを格納したディレクトリをtemplatefileprimarydir属性に指定します。
テンプレートファイルの名前はxxxtemplatefilename属性に指定します。（xxxのところはタスクで異なります）

たとえば、gen-entityの場合こんな感じです。

    <gen-entity
        rootpackagename="example"
        templatefileprimarydir="mydir"
        entitytemplatefilename="my-entity.ftl"
        classpathref="classpath"
    />

テンプレートファイルの名前をentitytemplatefilenameのデフォルト値"java/entity.ftl"に合わせた場合は、entitytemplatefilenameの指定は不要になります。S2JDBC-Genはtemptemplatefileprimarydirに指定されたディレクトリをまず検索するからです。見つからない場合にのみS2JDBC-Genのjarに含まれるテンプレートファイルを探します。

S2JDBC-Genのデフォルトのテンプレートファイルは配布ファイルの次の場所にあります。
src/main/resources/org/seasar/extension/jdbc/gen/internal/generator/tempaltes

ごっそり変更したい場合はFreeMarkerのテンプレートファイルの記述方法の知識が必要になりますが、ちょとした変更ならば感覚的にできると思います。